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菌落总数是指示性微生物指标，不是致病菌指标，反映食品在生产过程中的卫生状况。如果食品中的菌落总数严重超标，将会破坏食品的营养成分，使食品失去食用价值；还会加速食品的变质，可能危害健康。
《食品安全国家标准 饮料》（GB 71012015）中规定，液体饮料一个样品中菌落总数的5次检验结果均不得超过10
《食品安全国家标准 熟肉制品》（GB 27262016）中规定，熟肉制品（除发酵肉制品外）一个样品中菌落总数的5次检测结果均不得超过10
《食品安全国家标准 膨化食品》（GB 174012014）中规定，膨化食品一个样品中菌落总数的5次检测结果均不得超过10
《食品安全国家标准 蜂蜜》（GB 149632011）中规定，菌落总数不得超过10
《食品安全国家标准 方便面》（GB 174002015）中规定，一个方便面样品中菌落总数的5次检测结果均不得超过10
《食品安全国家标准 蜜饯》（GB 148842016）中规定，一个蜜饯样品中菌落总数的5次检测结果均不得超过10000CFU/g，且至少3次检测结果不超过1000CFU/g。
《食品安全国家标准 糕点、面包》（GB 70992015）中规定，一个糕点样品中菌落总数的5次检测结果均不得超过100000CFU/g，且至少3次检测结果不超过10000CFU/g。
《食品安全国家标准 饼干》（GB 71002015）中规定，一个饼干样品中菌落总数的5次检测结果均不得超过100000CFU/g，且至少3次检测结果不超过10000CFU/g。
《食品安全国家标准 动物性水产制品》（GB 101362015）中规定，即食生制动物性水产制品一个样品中菌落总数的5次检测结果均不得超过10
《食品安全国家标准 食用淀粉》（GB 316372016）中规定，食用淀粉一个样品中菌落总数的5次检测结果均不得超过10
《食品安全国家标准 婴幼儿谷类辅助食品》（GB 107692010）中规定，婴幼儿谷类辅助食品一个样品中菌落总数的5次检测结果均不得超过10000CFU/g，且至少3次检测结果不超过1000CFU/g。
《油炸马铃薯片（丝）》（Q/FHJ 0001S2017）中规定，菌落总数不超过10000CFU/g。
食品中菌落总数超标的原因，可能是生产企业所使用的原辅料初始菌落数较高；也可能是生产加工过程中卫生条件控制不严格；还可能与产品包装密封不严、储运条件控制不当等有关。
大肠菌群是国内外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中检出大肠菌群，提示被致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠杆菌）污染的可能性较大。如果食品中的大肠菌群严重超标，将会破坏食品的营养成分，使食品失去食用价值；还会加速食品变质，可能危害健康。
《食品安全国家标准 糕点、面包》（GB 70992015）中规定，糕点类粽子一个样品中大肠菌群的5次检测结果均不超过100CFU/g，且至少3次检测结果不超过10CFU/g。
《食品安全国家标准 膨化食品》（GB 174012014）中规定，膨化食品一个样品中大肠菌群的5次检测结果均不得超过10
《食品安全国家标准 冲调谷物制品》（GB 196402016）中规定，一个方便食品样品中大肠菌群的5次检测结果均不得超过10
《油炸马铃薯片（丝）》（Q/FHJ 0001S2017）中规定，大肠菌群不得超过90MPN/100g。
《麦片制品》（Q/ZPY 0003S2019）中规定，麦片食品一个样品中大肠菌群的5次检测结果均不得超过10
食品中大肠菌群超标的原因，可能是产品的加工原料、包装材料受污染，也可能是产品在生产过程中受人员、工器具等的污染，还可能是灭菌工艺灭菌不彻底导致的。
霉菌是评价食品卫生质量的指示性指标。食品中霉菌数是指食品检样经过处理，在一定条件下培养后，计数所得1g或1mL检样中所形成的霉菌菌落数。如果食品中的霉菌严重超标，将会破坏食品的营养成分，使食品失去食用价值，还可能产生霉菌毒素；长期食用霉菌超标的食品，可能危害健康。
《食品安全国家标准 坚果与籽类食品》（GB 193002014）中规定，炒货食品及坚果制品中烘炒工艺加工的熟制坚果与籽类食品样品的霉菌最大限量值为25CFU/g。
《食品安全国家标准 冲调谷物制品》（GB 196402016）中规定，一个方便食品样品中霉菌的5次检测结果均不得超过10
《食品安全国家标准 花粉》（GB 316362016）中规定，蜂花粉中霉菌不得超过200CFU/g。
《食品安全国家标准 蜜饯》（GB 148842016）中规定，蜜饯中霉菌不得超过50CFU/g。
食品中霉菌超标的原因，可能是原料发霉或原料、包装材料受到霉菌污染，也可能是产品在生产加工过程中卫生条件控制不到位，还可能与产品储运条件不当有关。
酵母是自然界中常见的真菌，是评价食品卫生质量的指示性指标。食品中酵母数是指食品检样经过处理，在一定条件下培养后，计数所得1g或1mL检样中所形成的酵母菌落数。食品中酵母严重超标会破坏食品色、香、味，降低其食用价值。
《食品安全国家标准 饮料》（GB 71012015）中规定，酵母的最大限量值为20CFU/mL。饮料中酵母超标的原因，可能是原料或包装材料受到污染，也可能是产品在生产加工过程中卫生条件控制不到位，还可能是产品储运条件不当导致。
霉菌和酵母是自然界中常见的真菌，在自然界中广泛存在。《食品安全国家标准 食用淀粉》（GB 316372016）中规定，食用淀粉中霉菌和酵母不得超过103CFU/g。食用淀粉中霉菌和酵母超标的原因，可能是生产企业所使用的原料受到污染，也可能是生产加工过程中卫生条件控制不严格，还可能与产品包装密封不严、储运条件控制不当等有关。
水分是固体类型保健食品的质量指标，与产品质量稳定性、微生物的生长条件均有密切的关系。水分控制不当，可能导致产品的功效成分或营养物质分解、酶解变质、霉变等，影响产品质量。
过氧化值是指油脂中不饱和脂肪酸被氧化形成过氧化物，是油脂酸败的早期指标。一般不会对健康造成损害，但食用过氧化值严重超标的食品可能导致肠胃不适、腹泻等症状。
《食品安全国家标准 糕点、面包》（GB 70992015）中规定，糕点中过氧化值（以脂肪计）的最大限量值为0.25g/100g。糕点中过氧化值超标的原因，可能是产品用油已经变质，或者产品在储存过程中环境条件控制不当导致产品酸败；也可能是原料中的脂肪已经氧化，原料储存不当，未采取有效的抗氧化措施，使得终产品油脂氧化。
《食品安全国家标准 坚果与籽类食品》（GB 193002014）中规定，熟制葵花籽中过氧化值的最大限量值为0.80g/100g。熟制葵花籽中过氧化值超标的原因，可能是产品在储存过程中环境条件控制不当，导致油脂过度氧化；也可能是原料储存不当，导致脂肪过度氧化，使得终产品过氧化值超标。
《菜籽油》（GB/T 15362004）中规定，四级浸出成品菜籽油中过氧化值最大限量值为6.0mmol/kg。
《食品安全国家标准 饼干》（GB 71002015）中规定，饼干中过氧化值（以脂肪计）的最大限量值为0.25g/100g。菜籽油和饼干中过氧化值超标的原因，可能是产品在储存过程中环境条件控制不当，导致油脂过度氧化；也可能是原料储存不当，导致脂肪过度氧化，使得终产品过氧化值超标。
酸价主要反映食品中油脂的酸败程度。酸价超标会导致食品有哈喇味，超标严重时所产生的醛、酮、酸会破坏脂溶性维生素，导致肠胃不适。
《食品安全国家标准 糕点、面包》（GB 70992015）中规定，糕点中酸价（以脂肪计）的最大限量值为5mg/g。糕点中酸价超标的原因，可能是企业原料采购把关不严，也可能是生产工艺不达标，还可能与产品储藏条件不当有关。
《黑芝麻糊》（GB/T 237812009）中规定，黑芝麻糊中酸价（以脂肪计）的最大限量值为5mg/g；《食品安全国家标准 糕点、面包》（GB 70992015）中规定，糕点中酸价（以脂肪计）的最大限量值为5mg/g。黑芝麻糊和糕点中酸价超标的原因，可能是生产企业采购的原料中酸价超标，也可能是产品储藏运输条件不当。
《食品安全国家标准 膨化食品》（GB 174012014）中规定，膨化食品中酸价（以脂肪计）（KOH）的最大限量值为5mg/g。该批次产品酸价超标的原因，可能是企业原料采购把关不严格，也可能是产品生产工艺不达标，还可能是产品储藏条件不当等。
乳的酸度可分为自然酸度和发酵酸度。国家标准中乳的酸度通常是指乳的总酸度，是反映乳新鲜程度的重要指标。酸度越高，通常说明乳受微生物污染的程度越严重。《食品安全国家标准 灭菌乳》（GB 251902010）中规定，羊乳的酸度范围为6～13o。羊乳中酸度超标的原因，可能是企业对原料乳质量控制不到位，也可能是生产加工过程中未按工艺要求实施有效卫生控制，还可能与产品包装密封不严或储运条件控制不当等有关。
挥发性盐基氮是指食品水浸液在碱性条件下能与水蒸气一起蒸馏出来的总氮量，即在此条件下能形成氨的含氮物。挥发性盐基氮是动物性食品变质的指示性指标，其含量越高，表明氨基酸破坏的越多，营养价值等受到的影响也就越大。长期食用挥发性盐基氮超标的食品，可能会因食品变质造成反胃、腹泻甚至更严重的健康危害。《食品安全国家标准 鲜（冻）畜、禽产品》（GB 27072016）中规定，挥发性盐基氮在海水鱼虾中的最大限量值为30mg/100g。海水鱼中挥发性盐基氮超标的原因，可能是产品宰杀后上市销售过程中卫生条件控制不当，受细菌污染或售卖时间较长，导致肉质不新鲜。
溴酸盐是矿泉水以及山泉水等多种天然水源在经过臭氧消毒后所生成的副产物。长期饮用溴酸盐超标的水，可能对造成一定伤害。《饮用天然矿泉水》（GB 85372008）中规定，饮用天然矿泉水中溴酸盐的检出值应小于0.01mg/L。正常情况下，水中不含溴酸盐，但普遍含有溴化物。溴酸盐超标的原因，可能是由于臭氧消毒时，水中溴化物被氧化生成溴酸盐。
果糖和葡萄糖是成熟蜂蜜的主要成分，是检验蜂蜜质量的一个重要理化指标。果糖和葡萄糖含量不达标会影响蜂蜜品质。《食品安全国家标准 蜂蜜》（GB 149632011）中规定，蜂蜜中果糖和葡萄糖的总含量应60g/100g。蜂蜜中果糖和葡萄糖不达标的原因，可能是蜂蜜酿造时间不足，蜂蜜不成熟导致水分含量过高；也可能是不法企业为提高产品感官质量向蜂蜜中添加糖浆或者直接使用糖浆造假。
酒精度又叫酒度，是指20℃时，100毫升酒中含有乙醇（酒精）的毫升数，即体积（容量）的百分数。酒精度是酒类产品的一个重要理化指标，含量不达标主要影响产品的品质。酒精度未达到产品标签明示要求的原因，可能是个别企业生产工艺控制不严格或生产工艺水平较低，无法准确控制酒精度；也可能是生产企业检验器具未检定或检验过程不规范，造成检验结果偏差。
界限指标是区别饮用天然矿泉水与其他饮用水的主要品质指标。《食品安全国家标准 饮用天然矿泉水》（GB 85372018）中规。
